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El Centro Nacional de Alta Tecnología (CeNAT) programa del Consejo Nacional de Rectores (CONARE), nace en marzo de 1999, momento en que Costa Rica atrae empresas multinacionales, como INTEL. 

La atracción de inversión con alto valor agregado en conocimiento, demanda ser un país estable, seguro, democrático, con personal altamente especializado con un alto nivel técnico, posición geográfica estratégica y contar con instituciones de educación superior de alto nivel en investigación, por los trabajos que las empresas requieren como apoyo y por el perfil de los profesionales que contratan.

En este esquema, el Gobierno Figueres Olsen, tomó de referencia países como Korea, Singapur e Israel, este último con el Technion o Instituto Tecnológico Israelí, ubicado en Haifa para impulsar la creación del CeNAT, con el respaldo de las universidades estatales para la atracción de inversión en alta tecnología. Reafirmando el papel de las universidades públicas, como las principales generadoras de investigación en Costa Rica.

Es así como, en octubre de 1997, el Gobierno de la República planteó al Consejo Nacional de Rectores (CONARE) la iniciativa para destinar el inmueble utilizado por la antigua Agencia Internacional para el Desarrollo (AID) para la constitución de un centro de carácter nacional en alta tecnología, mediante el cual la academia se vinculara con el sector productivo en áreas de alto impacto asociadas a la atracción de la inversión extranjera, en beneficio del desarrollo nacional.

Esta iniciativa pasaría posteriormente a ser normativa, cuando la Asamblea Legislativa promulga la Ley 7806, el 25 de mayo, 1998, autorizando el traspaso del inmueble al CONARE para crear el Centro Nacional de Alta Tecnología y se denomine el edificio Dr. Franklin Chang Díaz.

Esta ley en su artículo 3 dispone la creación de la Fundación Centro de Alta Tecnología (FunCeNAT) con el fin de mantener el deber legal de administrar los recursos  requeridos para la ejecución de los proyectos desarrollados por medio del CeNAT.   

CONARE estaba conformado entonces, por el Dr. Gabriel Macaya Trejos, rector de la Universidad de Costa Rica, el Ing. Alejandro Cruz Molina, rector del Instituto Tecnológico de Costa Rica, Dr. Celedonio Ramírez Ramírez, rector de la Universidad Estatal a Distancia y el Dr. Jorge Mora Alfaro, rector de la Universidad Nacional, quienes apoyaron la propuesta de crear un centro de desarrollo científico y tecnológico, lo que potenciaría los esfuerzos en investigación de las universidades. La primera junta administrativa de la FunCeNAT fue conformada por ellos y por Marielos Aldí Villalobos, como representante de la municipalidad de San José.

Como parte del proceso, el Consejo Nacional de Rectores, bajo el amparo del Convenio de Coordinación de la Educación Superior Universitaria Estatal, en la sesión número 5-99, del 2 de marzo, 1999 del Consejo Nacional de Rectores (CONARE), crea el Centro Nacional de Alta Tecnología.

CeNAT se convertiría en un espacio inter-universitario de encuentro entre la academia, el Gobierno y los sectores productivos del país en diferentes campos de alta tecnología, uniendo esfuerzos para potenciar las posibilidades del país y estar en capacidad de aprovechar las oportunidades que el desarrollo tecnológico brinda a países que, como Costa Rica, han invertido significativamente en la educación de su población en todos sus niveles.

Durante más de dos décadas, CeNAT construye y consolida una estructura basada en áreas y laboratorios especializados, que le han permitido impulsar diversos proyectos de investigación, transferencias de conocimiento en conjunto con las universidades estatales, instituciones gubernamentales y sectores productivos, forjando una senda de la transformación del conocimiento en desarrollo.