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La Fundación Centro Alta Tecnología (FunCeNAT) es creada por Ley de la República No. 7806, del 25 de mayo de 1998, con el propósito de administrar los recursos y la atención de los fines institucionales del Centro Nacional de Alta Tecnología (CENAT).

Artículo 3.- El Estado y sus instituciones quedan autorizados para traspasar recursos al Centro Nacional de Alta Tecnología, de cuya administración y manejo será responsable la Fundación Centro Alta Tecnología.

La FunCeNAT cuenta con la supervisión permanente de la Contraloría General de la República, en lo relacionado al adecuado manejo y administración de los recursos que se reciban bajo la vigencia de la Ley 7386.

Por su parte, la Fundación cuenta con una Junta Administradora, la cual está integrada por representantes de las Instituciones de Educación Superior Universitaria Estatal (IESUE), con el concurso del Sector Productivo y del Gobierno de la República. La Junta nombra a un director ejecutivo encargado de la FunCeNAT.